En cuanto a su naturaleza, pueden ser:
Embrionarias, sólo se puede encontrar en embriones humanos y se clasifican como totipotentes o pluripotentes, dado su alto poder de diferenciación. Estos embriones se descartan (no factible para poner en práctica) se pueden encontrar en clínicas de reproducción asistida o pueden ser producidos por clonación con fines terapéuticos.
Adulto extraído de diversos tejidos humanos, tales como la médula ósea, la sangre, el hígado, el cordón umbilical, la placenta y así sucesivamente. (estos dos últimos son considerados células adultas, dada su limitada diferenciación). En tejidos adultos también se encuentran las células madre tales como la médula ósea, el sistema nervioso y el epitelio. Sin embargo, los estudios han demostrado que su capacidad de diferenciación es limitado y que la mayoría de los tejidos no se pueden obtener a partir de ellos.
